การจัดการโรคในสวนแบบระยะสั้น ที่พบเชื้อสาเหตุว่าอาศัยอยู่บริเวณรากและโคนต้นของทุเรียน โดยวิธีใช้สารป้องกันกำจัดโรคพืช อาจใช้สารป้องกันกำจัดที่ออกฤทธิ์ภายในต้นทุเรียน ด้วยสารป้องกันกำจัดโรคพืชราดบริเวณโคนต้นเพื่อกำจัดเชื้อสาเหตุที่อยู่ในดิน หรือพ่นบนแผลที่ปรากฏบนลำต้นที่พบว่ามีน้ำเหลวๆ สีน้ำตาลไหลออกมา ชาวสวนอาจถากแผลออกจนถึงเนื้อไม้ที่ไม่แสดงอาการสีน้ำตาลก่อนการใช้สารป้องกันกำจัดโรคพืชเข้มข้นพ่น หรือทาบนแผล ซึ่งหากพบอาการน้ำยางสีน้ำตาลแดงซึมออกมาจากรอยแผลแล้วอาจต้องใช้สารป้องกันกำจัดโรคพืชบ่อยครั้งขึ้น หรือมีความเข้มข้นมากขึ้น ขึ้นอยู่กับชนิดของสารป้องกันกำจัดโรคพืชที่ใช้ วิธีการสังเกตว่าควรใช้บ่อยครั้งแค่ไหนโดยดูว่าหลังพ่นไป แล้วไม่มีน้ำยางซึมออกมาจากแผลบนลำต้นและกิ่ง และแผลแห้งสนิท

การบำรุงดินด้วยปุ๋ยอินทรีย์มากๆ จะช่วยให้ต้นทุเรียนมีความสมบูรณ์ทางกิ่งและใบ และทำให้เกิดโรคได้มากขึ้นด้วย สวนที่ขาดการบำรุงจะพบ โรครากเน่าโคนเน่า น้อยกว่าแต่จะได้ผลผลิตที่ขาดคุณภาพด้วยเช่นกัน